Думаю, что глушилки поставили именно для защиты от дронов. Появились они вскоре после того как государство озаботилось темой регулирования и ввело процедуру согласования полетов.
Внести зону запрещенную для пролетов можно в автопилоты таких производителей как DJI или MikroKopter, но при этом останутся десятки китайских производителей.
Можно взять автопилот с открытым кодом, тот же PixHawk, и удалить из него список закрытых зон. Да и просто взять прошивку от лета этого года например, где зона вокруг Кремля не прописана.
Ну и приложив определенные усилия автопилот можно собрать самостоятельно, даже на базе того же Arduino, прикрутив к нему необходимые датчики и написав алгоритмы управления.
Кроме того, у спецслужб всех крупных стран есть свои беспилотники со своими автопилотами.